Il successo dei turchi selgiuchidi stimolò una risposta dall'Europa sotto forma della Prima Crociata. Una controffensiva lanciata nel 1097 dall'imperatore bizantino con l'aiuto dei crociati occidentali provocò ai turchi una sconfitta decisiva. Konya cadde in mano ai crociati, che costrinsero i turchi a fornire loro ricognizioni durante la loro marcia verso Gerusalemme. In pochi anni di campagna, il dominio bizantino fu ripristinato nella parte occidentale dell'Anatolia, ed i crociati si ritagliarono stati feudali lì e in Siria come vassalli dell'imperatore.
Una rinascita turca nel 1140 annullò molte delle conquiste cristiane, ma maggiori danni furono arrecati alla sicurezza bizantina a causa del conflitto dinastico a Costantinopoli (Istanbul) in cui intervennero i contingenti in gran parte francesi della Quarta Crociata e dei loro alleati Veneziani. Nel 1204 i crociati installarono il conte Baldovino delle Fiandre nella capitale bizantina come imperatore del cosiddetto Impero Latino (Imperium Romaniae), e il doge veneziano Enrico Dandolo come sovrano, smembrando il vecchio impero in stati tributari dove furono trapiantate le istituzioni feudali occidentali intatto.
Regni greci indipendenti furono stabiliti a Nicea (Iznik) e Trebisonda (Trabzon) e in Epiro dalle rimanenti province bizantine. I turchi si allearono con i greci in Anatolia contro i latini; I greci si allearono con i turchi contro i Mongoli. Nel 1261 Michele Paleologo di Nicea scacciò i latini da Costantinopoli e restaurò l'Impero Bizantino, ma come uno stato essenzialmente balcanico ridotto di dimensioni alla Tracia e all'Anatolia nord-occidentale.
Il Rum sopravvisse alla fine del tredicesimo secolo come vassallo dei Mongoli, che aveva già soggiogato il sultanato del Grande Selgiuchidi a Baghdad. L'influenza mongola nella regione era scomparsa nel 1330, lasciando dietro di sè gli amirati Gazi che gareggiavano per la supremazia. Dalle condizioni caotiche prevalenti in tutto il Medio Oriente, tuttavia, emerse in Anatolia una nuova potenza: quella dei turchi ottomani.